Fue proyectada por Simón o Francisco de Colonia en 1519. La iglesia de La Merced fue construida entre los siglos XV y XVI por la orden de los mercedarios, bajo el patrocinio del matrimonio Francisco del Castillo y Leonor Pesquera, de la que se hicieron cargo los jesuitas en el siglo XIX. Además de su valor artístico, la iglesia tiene un importante valor sentimental para miles de ciudadanos burgaleses, ya que durante décadas sirvió también para los actos litúrgicos a los que acudían los alumnos de los jesuitas en Burgos. Actualmente se encuentra en fase de restauración ya que sufrió un incendio el 21 de Abril del año 2001.
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