El antiguo convento de monjas franciscanas de Santa Clara fue el gérmen alrededor del cual se formó el arrabal de Santa Clara. Una bula papal de 1232 permitió a la citada comunidad femenina levantar su monasterio en una zona rodeada de eras y campos de labor y que estaba aislada suficientemente del bullicio de la ciudad. Su iglesia una de las más antiguas de Burgos, a la que se accede por una portada de estilo gótico, está fechada en la segunda mitad del siglo XIII y es contemporánea de la Catedral burgalesa. Su interior, a pesar de sus reducidas dimensiones, denota un gran sentido arquitectónico y está cubierto por una serie de sencillas bóvedas góticas de crucería. En la capilla mayor destaca un retablo dieciochesco en el que aparecen representados San Francisco de Asís y Santa Clara. En 1993 las monjas clarisas celebraron el centenario de su fundadora.