Las salas generales estarán integradas por la Sala de la Evolución y la sala de Atapuerca, ofreciendo a los visitantes que lo deseen la posibilidad de acceder gateando a una réplica idealizada de una zona de la Cueva Mayor, y de reencontrase "en directo" con los lugares más importantes de la Trinchera del Ferrocarril, creando las condiciones necesarias para vivir, en clave de aventura, las experiencias y emociones propias de una incursión a uno de los escenarios de Atapuerca. El diseño museológico contará con los medios -vídeo, DVD, etc.- que permitan explicar de forma intensiva y estructurada los multiples temas que se traten. Explicarán los distintos trabajos y actividades propias de un yacimiento, la geomorfología de Atapuerca, los modelos de acumulación de restos y su análisis, las teorías de la Evolución, los modos de vida de nuestros antecesores, los sistemas de datación y los trabajos de laboratorio, etc. Con ello cada visitante podrá realizar su propio aprendizaje, creando asociaciones y relaciones sin un esquema que lo prejuzgue o lo ordene, pretendiendo que la interacción del público despierte el interés hacia unos hechos o fenómenos y, al deleitar, al sorprender o al evocar asociaciones se provoque la elaboración conceptual y la búsqueda intelectual que estimule al visitante para buscar más adelante otras informaciones sobre los temas con los que ha tenido contacto.

En total el Museo contará con 10.500 m2 edificados, con un costo total de aproximadamente 3.000 millones de pesetas. Su construcción tendrá lugar en unos terrenos muy céntricos con los que cuenta la ciudad, situados en la margen izquierda del río Arlanzón, concretamente en el denominado Solar de Caballería que, con una superficie aproximada de 23.400 m2, disfruta de una posición privilegiada junto al río. El Ayuntamiento desea aprovechar la oportunidad que representa la existencia de este Solar para resolver el reequipamiento la futura dotación cultural de la ciudad. La cultura, como valor social actual, requiere también modelos adecuados en los cuales desenvolverse Para ello ha convocado una Consulta Internacional dirigida a arquitectos elegidos en base a su prestigiosa profesionalidad y experiencia probada en proyectos de similares características, cuyas propuestas plantearán la ordenación arquitectónica del Solar y de su entorno urbano y en la que, además del Museo de la Evolución Humana, se ubicará también el futuro Palacio de Congresos, Exposiciones y Auditorio, creando edificios que sean testimonio de la arquitectura de nuestro tiempo y sirvan para dotar a la ciudad de Burgos de un hito de modernidad y símbolo de futuro. Para dichos usos culturales se contará con una superficie construida total de 30.000 m2, que se completarán con 25.000 m2 aparcamiento subterráneo y la urbanización de todos los espacios libres resultantes. La Consulta planteada se resolverá en el mes de octubre de 2000, acometiéndose las obras previstas en el año siguiente.